Hanefi Avcı, 1 Ocak 1956 tarihinde Kahramanmaraş'ın Pazarcık ilçesinde dünyaya geldi. Eğitimine Karabıyıklı İlkokulu'nda başlayan Avcı, ortaokulu Gaziantep Karşıyaka Ortaokulu'nda, lise eğitimini ise Ankara Polis Koleji'nde tamamladı. Daha sonra Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi'ne girdi ve 1980 yılında mezun oldu.
Mezuniyetinin ardından İçişleri Bakanlığı'nda göreve başlayan Hanefi Avcı, ilk olarak Mersin merkez ve Gülnar ilçelerinde görev aldı. Ardından Diyarbakır ve İstanbul'da çeşitli şube müdürlüklerinde bulundu. 2009 yılında Edirne İl Emniyet Müdürlüğü'ne atanan Avcı, aynı yılın Haziran ayında Eskişehir İl Emniyet Müdürlüğü'ne tayin edildi.
Hanefi Avcı, Ağustos 2010'da yayımlanan "Haliç'te Yaşayan Simonlar" adlı kitabıyla büyük yankı uyandırdı. Kitapta, Gülen cemaatinin emniyet teşkilatında örgütlendiği ve yasa dışı faaliyetlerde bulunduğu iddialarını dile getirdi. Bu iddiaların ardından merkeze alınma talebinde bulunan Avcı'nın bu talebi kabul edildi.
Hanefi Avcı, Devrimci Karargah Örgütü'ne yardım ettiği gerekçesiyle yargılandı ve 22 yıl 9 aydan 49 yıl 6 aya kadar hapis cezasıyla karşı karşıya kaldı. 2011 yılında İstanbul 3. Bölgeden bağımsız milletvekili adayı olarak seçimlere katılmaya karar verse de, seçimlerden birkaç gün önce adaylıktan çekildiğini duyurdu. 15 yıl 4 ay 5 gün hapis cezasına çarptırılan Avcı, Anayasa Mahkemesi'nin hak ihlali tespit etmesi sonucunda 20 Haziran 2014'te tahliye edildi.