1462-63 yıllarında İstanbul'un savunulması amacıyla boğazın en dar yerine yaptırılan iki kaleden biri olan Kala-i Sultaniye, zaman içinde doğan ihtiyaçlara göre tadil edilmiştir. 18 Mart 1982 tarihinde müze olarak açılır.
Çanakkale Deniz Müzesi'nde sergilenen objeler; savaş alanlarında yüzey araştırması yapılarak, köyler taranarak bağışlanan ve toplanan objelerden oluşmaktadır. Çanakkale Deniz Müzesi, girişe yakın lojman binası, kalenin içindeki iç kale, Nusrat Mayın Gemisi ve bahçe olmak üzere 4 bölümden oluşmaktadır.( 2015 yılına kadar restorasyon çalışmaları nedeniyle sergi mekanlarının çoğu ziyarete kapalıdır).
Sergi Mekanları: Müzenin girişinden sağa dönüldüğünde karşılaşılan üç katlı bina, erken Cumhuriyet Dönemi mimari özelliklerini taşımaktadır. Binanın girişinde yer alan iki kitabede “Müteahid Nafiz Nuri Mühendis 1927” ve soldakinde de “Mimar Arif Süleyman 1927” yazılıdır. İlk olarak Müstahkem Mevki Komutanlığı, sonra Deniz Birlikleri Komutanlığı ve askeri lojman olarak kullanılan bina, 1982 yılında müzeye çevrilmiştir.
